長崎総合科学大学は(財)日本高等教育評価機構の平成20年度大学機関別認証評価において、同機構が定める大学評価基準を満たしていると認定されました。認定期間は平成20年(2008年)4月1日から平成27年(2015年)3月31日まで。
平成16年4月よりすべての大学は教育研究水準の向上に資するため、教育研究、組織運営及び施設設備等について総合的な状況に関し、政令で定める期間(7年以内)ごとに、文部科学大臣が認証する評価機関の実施する認証評価を受けることが義務付けられています。